It’s been close to a year since I updated our cluster; I was going to do it over Christmas, but never quite got around to it. The period of social distancing (and procrastinating on my research) is a great time, right? The cluster is running Centos 7. The biggest issue with upgrading it is the Lustre file system. These are all my notes on the upgrade process. I’m hoping by writing them down here, my life will be somewhat easier the next time I need to do this. Learning how Lustre works all over again every time I do an update is an involved process!
Lustre is very picky about the version of the Linux kernel. This means we can’t just do a blanket “sudo yum update” on the system. We need to upgrade to the specific kernel version that is required by the new version of Lustre we will be installing.
On wyeast, the Lustre server is installed across three different nodes: wyeast-lustre01, wyeast-lustre02, and wyeast-lustre03. The metadata server is on the first node, and the object storage targets are stored on lustre02 and lustre03.
First, update the list of updates that yum knows about:
sudo yum makecache
Next, look at the lustre-server repo and find the current version of the Lustre server and the Linux kernel it uses.
sudo yum repo-pkgs lustre-server list
From this, I found that the current Lustre server version is 2.12.4. I checked the changelog on lustre.org to determine the kernel version needed:
http://wiki.lustre.org/Lustre_2.12.4_Changelog
The Linux kernel needed is actually available in the Lustre-server repo:
kernel-3.10.0-1062.9.1.el7_lustre
So I needed to make sure to install that particular version and not the most up-to-date kernel.
sudo yum repo-pkgs lustre-server update kernel-3.10.0-1062.9.1.el7_lustre kernel-devel-3.10.0-1062.9.1.el7_lustre kernel-headers-3.10.0-1062.9.1.el7_lustre
After that, I checked the current list of other updates available in the Lustre server repository.
sudo yum repo-pkgs lustre-server list
Next, I updated all the Lustre packages that were already installed:
sudo yum repo-pkgs lustre-server update kmod-lustre.x86_64 kmod-lustre-osd-ldiskfs.x86_64 libnvpair1.x86_64 libuutil1.x86_64 libzfs2.x86_64 libzpool2.x86_64 lustre.x86_64 lustre-osd-ldiskfs-mount.x86_64 lustre-osd-zfs-mount.x86_64 lustre-resource-agents.x86_64 lustre-zfs-dkms.noarch spl.x86_64 spl-dkms.noarch zfs.x86_64 zfs-dkms.noarch
Finally, I’ll update all the other system software, carefully excluding the Linux kernel packages:
sudo yum -x kernel,kernel-headers,kernel-debug-devel,kernel-tools,kernel-tools-libs,kmod-lustre.x86_64,kmod-lustre-osd-ldiskfs.x86_64,libnvpair1.x86_64,libuutil1.x86_64,libzfs2.x86_64,libzpool2.x86_64,lustre.x86_64,lustre-osd-ldiskfs-mount.x86_64,lustre-osd-zfs-mount.x86_64,lustre-resource-agents.x86_64,lustre-zfs-dkms.noarch,spl.x86_64,spl-dkms.noarch,spl-dkms.noarch,zfs.x86_64,zfs-dkms.noarch,kernel-devel update
That completes all the software upgrades. The same process needs to be done on wyeast-lustre02 and wyeast-lustre03. I probably should have umounted Lustre mounts before this process, but I didn’t. So after the reboot, Lustre wasn’t quite working. I had to fix it.
First, I had to fix the firewall again on the Lustre machines:
sudo iptables -F
Next, zfs (the file system used by Lustre) was messed up on wyeast-lustre01 and wyeast-lustre02.
The command:
zfs list
wasn’t working. It showed that zfs wasn’t loaded. So the first step is to do:
modprobe zfs
This loaded zfs. However, our zfs pools are missing. This command fixed that:
zpool import
This finds the zpools and allows them to be imported:
zpool import lustre-ost0/ost0
zpool import lustre-ost0/ost0
This loads the zfs pools, but I still need to remount the Lustre file system. This needs to be done on the object storage targets first (lustre02 and lustre03) before it is done on the metadata server (lustre01).
sudo mount -t lustre lustre-ost0/ost0 /lustre-ost0/ost0
sudo mount -t lustre lustre-ost1/ost1 /lustre-ost1/ost1
Lustre actually automounted correctly on Lustre03, so I didn’t have to fix anything. With the targets working, it was time to fix Lustre01:
mount -t lustre lustre-mgsmdt/mgsmdt /lustre-mgsmdt/mgsmdt
Mounting the Lustre file system starts the Lustre service and we are off to the races.
Back on the compute nodes, it wasn’t finding the Lustre mount on the head node. So I had to unmount and then remount Lustre.
First, when I tried to unmount Lustre, the file system was reported as busy. So I ran the following command the find the guilty processes:
sudo lsof +f -- /lustre
This gives me a list of processes that I was then able to kill off. After that:
sudo umount /lustre
Followed by:
sudo mount -t lustre 192.168.1.11@tcp:/lustre /lustre
Which worked! Although I hadn’t yet updated the Lustre client, it was still able to handle the updated Lustre server. The other nodes that didn’t have active shells attached to them didn’t have any trouble with the change; I didn’t even have to remount them; the file system just showed up without any trouble.
Next step is to update the software on the compute nodes. Similar process except somewhat easier since we don’t have to deal with zfs. I still want to limit the install to the particular Linux kernel and the “Lustre-client” repo. In this case, I had to download the rpms from rpmfind:
https://rpmfind.net/linux/rpm2html/search.php?query=kernel%28×86-64%29&submit=Search+…&system=&arch=
I downloaded RPMs for kernel, kernel-debug-devel, kernel-headers, kernel-tools, and kernel-tools-libs. This time, I remembered to unmount /lustre first. Then I installed the new kernel modules:
Then, to install them:
sudo yum localinstall kernel-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm kernel-debug-devel-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm kernel-headers-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm kernel-tools-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm kernel-tools-libs-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm
Next, update the Lustre client:
sudo yum repo-pkgs lustre-client update kmod-lustre-client.x86_64 lustre-client.x86_64
Then update everything else, excluding the kernel stuff:
sudo yum update -x kernel,kernel-debug-devel,kernel-headers,kernel-tools,kernel-tools-libs
Finally, reboot and then remount Lustre:
sudo mount -t lustre 192.168.1.11@tcp:/lustre /lustre
Unlike with the Lustre server, I didn’t encounter any trouble with the reboot. The Lustre partition survived the update just fine, and I was able to successfully update all the rest of the installed software on the system.
Admin – “:
Переходи на mega отзывы и открой для себя эксклюзивный магазин на самом авторитетном сервисе скрытого интернета ждет тебя с желанным и актуальным товаром, внимательно подобранным поставщиками. Позволь себе забыть о проблемах и неудачах сегодняшнего дня, а также отвлечься и поднять настроение. Присоединяйся к mega darknet – передовой и перспективной платформе! Сокровища находятся в непосредственной близости практически в каждом населенном пункте нашей страны, открой возможность сделать приятное себе и своим друзьям!
mega sb официальный:https://xn--megsb-l11b.com
Hello everyone! I go by the name Admin Read:
При первом знакомстве https mega sb выглядит простым и легким в использовании ресурсом с простым интерфейсом. Именно здесь заключается ключевая особенность мега даркнет ссылки, которая может быть скрыта от обычного взгляда. Ведь наличие различных функций только усложняет взаимодействие сервиса с конечным пользователем. Чтобы начать делать покупки, достаточно перейти по специальной ссылке на mega сайт тор, создать аккаунт и пополнить баланс. Затем легкий процесс поиска необходимых товаров, и в одно мгновение вы будете рядом со своим желанным сокровищем, открывающим путь в мир фантазий и спокойствия. Зарегистрируйтесь на ссылка на мегу через тор.
зайти на mega:https://xn--megsb-l11b.com
Hey, everyone! Allow me to introduce myself as Admin Read:
Переходи на mega sb вход! Здесь уникальный магазин на самом престижном и авторитетном сервисе скрытого интернета ждет тебя с желанным и актуальным товаром, внимательно подобранным поставщиками. Позволь себе забыть о проблемах и неудачах сегодняшнего дня, а также отвлечься и поднять настроение. Присоединяйся к зайти на mega – передовой и перспективной платформе! Сокровища находятся в непосредственной близости практически в каждом населенном пункте нашей страны, открой дверь к возможности порадовать себя и своих друзей!
megasb com:https://xn--megsb-l11b.com
Hey there, everyone! The name’s Admin Read:
Что такое mega sb onion!? Продвинутая площадка для подпольных онлайн-сделок. Те, кто хоть раз в своей жизни побывал в альтернативном мире интернета осознают, как необъятен мир темной паутины. По сути, это аналогичный интернету, который мы знаем, только улучшенный — независимая площадка без регулирования и ограничений. Здесь, на мега даркнет маркет в скрытом интернете, существует множество разнообразных ресурсов, как плохих, так и хороших, качественных и не очень. Каждый выбирает для себя то, что соответствует его предпочтениям. И ты можешь проникнуть в мир безграничного исключительного наслаждения – присоединяйся к сайт mega darknet!
mega ссылка тор:https://xn--megsb-l11b.com
Moderator!
зеркало мега сб впечатляет своей простотой и понятностью с самого начала, благодаря базовому интерфейсу. Это именно то, что делает mega ru особенным и выделяет его на фоне других ресурсов. Ведь наличие различных функций только усложняет взаимодействие сервиса с конечным пользователем. Для совершения покупок вам потребуется перейти по ссылке mega darknet, создать аккаунт и пополнить баланс. Затем легкий процесс поиска необходимых товаров, и в одно мгновение вы будете рядом со своим желанным сокровищем, открывающим путь в мир фантазий и спокойствия. Зарегистрируйтесь на зеркало mega sb.
мега через тор:https://xn--megsb-l11b.com
Hi all! My name is Admin Read:
mega sb зеркало рабочее впечатляет своей простотой и понятностью с самого начала, благодаря базовому интерфейсу. Именно здесь заключается ключевая особенность мориарти сайт mega, которая может быть скрыта от обычного взгляда. Ведь наличие различных функций только усложняет взаимодействие сервиса с конечным пользователем. Чтобы начать делать покупки, достаточно перейти по специальной ссылке на mega sb fo, создать аккаунт и пополнить баланс. Затем легкий процесс поиска необходимых товаров, и в одно мгновение вы будете рядом со своим желанным сокровищем, открывающим путь в мир фантазий и спокойствия. Зарегистрируйтесь на сайт mega.
ссылка мега сб:https://xn--megsb-l11b.com
Hello everyone! I go by the name Admin Read:
Переходи на megasb com и открой для себя эксклюзивный магазин на самом авторитетном сервисе скрытого интернета ждет тебя с желанным и актуальным товаром, внимательно подобранным поставщиками. Позволь себе забыть о проблемах и неудачах сегодняшнего дня, а также отвлечься и поднять настроение. Присоединяйся к сайт мега даркнет – передовой и перспективной платформе! Сокровища находятся в непосредственной близости практически в каждом населенном пункте нашей страны, открой дверь к возможности порадовать себя и своих друзей!
mega com:https://xn--megsb-l11b.com
Hello everyone! I go by the name Admin Read:
Переходи на mega сайт ссылка и открой для себя эксклюзивный магазин на самом авторитетном сервисе скрытого интернета ждет тебя с желанным и актуальным товаром, внимательно подобранным поставщиками. Забудь обо всех неприятностях и разочарованиях сегодняшнего дня, а также отвлечься и поднять настроение. Присоединяйся к зеркало mega sb – передовой и перспективной платформе! Сокровища находятся в непосредственной близости практически в каждом населенном пункте нашей страны, открой дверь к возможности порадовать себя и своих друзей!
официальная ссылка мега:https://xn--megsb-l11b.com
Hi all! My name is Admin Read:
Не желаете упускать время на поиски захватного контента? mega мориарти с удовольствием возьмет эту задачу на себя! Наш инновационный алгоритм находит контент, который точно попадает в цель ваших интересов. Откройте для себя новые горизонты в мире развлечений с мега онион ссылка!
сайт mega:https://xn--megsb-l11b.com
Moderator!
Хотите расти и развиваться, не останавливаясь на достигнутом? мега сб поможет вам в этом! Мы предлагаем не только обучающие материалы, но и контент, который поднимет вам настроение и развлечет. Откройте для себя новые горизонты с mega ссылка в качестве вашего личного тренера!
ссылка мега сб:https://xn--megsb-l11b.com
Hi all! My name is Moderator Read:
Позвольте своей страсти расцвести вновь и оживите ее с мега сб ссылка! С нашими творческими материалами у вас будет возможность не только наслаждаться увлечениями, но и воплощать свои собственные идеи в жизнь. Ваши идеи найдут свое воплощение с ссылка мега сб рядом.
сайт mega sb:https://xn--megsb-l11b.com
Hey there, everyone! The name’s Admin Read:
Верите в силу своих мечтаний? На мега онион ссылка мы тоже! Мы разработали платформу, где вашей цели уделяется особое внимание, и мы поддерживаем вас в ее достижении. Мы предлагаем источники вдохновения, полезную информацию и увлекательные развлечения, помогая вам шаг за шагом приближаться к своим целям. Независимо от ваших предпочтений, на мега даркнет маркет вы всегда найдете что-то интересное для просмотра.
ссылка на мега:https://xn--megsb-l11b.com
Hey there, everyone! The name’s Admin Read:
Вас охватывает страсть к какому-то хобби? мега через тор поможет вам раскрыть всю глубину своей страсти! У нас есть богатый ассортимент контента, соответствующего разнообразным увлечениям. Таким образом, вы сможете не только наслаждаться своими интересами, но и обмениваться опытом с единомышленниками. Присоединяйтесь к мега онион ссылка и дайте волю своей страсти!
mega onion:https://xn--megsb-l11b.com
Hey, everyone! Allow me to introduce myself as Admin Read:
Откройте двери в неограниченный мир возможностей с ссылка на мега! Мы не просто предлагаем вам разнообразный и захватывающий контент – мы формируем уникальное пространство для обучения и развлечений. Независимо от того, что вы ищете – знания или развлечения – mega не работает всегда рядом, чтобы удовлетворить ваши потребности.
мега даркнет ссылки:https://xn--megsb-l11b.com