It’s been close to a year since I updated our cluster; I was going to do it over Christmas, but never quite got around to it. The period of social distancing (and procrastinating on my research) is a great time, right? The cluster is running Centos 7. The biggest issue with upgrading it is the Lustre file system. These are all my notes on the upgrade process. I’m hoping by writing them down here, my life will be somewhat easier the next time I need to do this. Learning how Lustre works all over again every time I do an update is an involved process!
Lustre is very picky about the version of the Linux kernel. This means we can’t just do a blanket “sudo yum update” on the system. We need to upgrade to the specific kernel version that is required by the new version of Lustre we will be installing.
On wyeast, the Lustre server is installed across three different nodes: wyeast-lustre01, wyeast-lustre02, and wyeast-lustre03. The metadata server is on the first node, and the object storage targets are stored on lustre02 and lustre03.
First, update the list of updates that yum knows about:
sudo yum makecache
Next, look at the lustre-server repo and find the current version of the Lustre server and the Linux kernel it uses.
sudo yum repo-pkgs lustre-server list
From this, I found that the current Lustre server version is 2.12.4. I checked the changelog on lustre.org to determine the kernel version needed:
http://wiki.lustre.org/Lustre_2.12.4_Changelog
The Linux kernel needed is actually available in the Lustre-server repo:
kernel-3.10.0-1062.9.1.el7_lustre
So I needed to make sure to install that particular version and not the most up-to-date kernel.
sudo yum repo-pkgs lustre-server update kernel-3.10.0-1062.9.1.el7_lustre kernel-devel-3.10.0-1062.9.1.el7_lustre kernel-headers-3.10.0-1062.9.1.el7_lustre
After that, I checked the current list of other updates available in the Lustre server repository.
sudo yum repo-pkgs lustre-server list
Next, I updated all the Lustre packages that were already installed:
sudo yum repo-pkgs lustre-server update kmod-lustre.x86_64 kmod-lustre-osd-ldiskfs.x86_64 libnvpair1.x86_64 libuutil1.x86_64 libzfs2.x86_64 libzpool2.x86_64 lustre.x86_64 lustre-osd-ldiskfs-mount.x86_64 lustre-osd-zfs-mount.x86_64 lustre-resource-agents.x86_64 lustre-zfs-dkms.noarch spl.x86_64 spl-dkms.noarch zfs.x86_64 zfs-dkms.noarch
Finally, I’ll update all the other system software, carefully excluding the Linux kernel packages:
sudo yum -x kernel,kernel-headers,kernel-debug-devel,kernel-tools,kernel-tools-libs,kmod-lustre.x86_64,kmod-lustre-osd-ldiskfs.x86_64,libnvpair1.x86_64,libuutil1.x86_64,libzfs2.x86_64,libzpool2.x86_64,lustre.x86_64,lustre-osd-ldiskfs-mount.x86_64,lustre-osd-zfs-mount.x86_64,lustre-resource-agents.x86_64,lustre-zfs-dkms.noarch,spl.x86_64,spl-dkms.noarch,spl-dkms.noarch,zfs.x86_64,zfs-dkms.noarch,kernel-devel update
That completes all the software upgrades. The same process needs to be done on wyeast-lustre02 and wyeast-lustre03. I probably should have umounted Lustre mounts before this process, but I didn’t. So after the reboot, Lustre wasn’t quite working. I had to fix it.
First, I had to fix the firewall again on the Lustre machines:
sudo iptables -F
Next, zfs (the file system used by Lustre) was messed up on wyeast-lustre01 and wyeast-lustre02.
The command:
zfs list
wasn’t working. It showed that zfs wasn’t loaded. So the first step is to do:
modprobe zfs
This loaded zfs. However, our zfs pools are missing. This command fixed that:
zpool import
This finds the zpools and allows them to be imported:
zpool import lustre-ost0/ost0
zpool import lustre-ost0/ost0
This loads the zfs pools, but I still need to remount the Lustre file system. This needs to be done on the object storage targets first (lustre02 and lustre03) before it is done on the metadata server (lustre01).
sudo mount -t lustre lustre-ost0/ost0 /lustre-ost0/ost0
sudo mount -t lustre lustre-ost1/ost1 /lustre-ost1/ost1
Lustre actually automounted correctly on Lustre03, so I didn’t have to fix anything. With the targets working, it was time to fix Lustre01:
mount -t lustre lustre-mgsmdt/mgsmdt /lustre-mgsmdt/mgsmdt
Mounting the Lustre file system starts the Lustre service and we are off to the races.
Back on the compute nodes, it wasn’t finding the Lustre mount on the head node. So I had to unmount and then remount Lustre.
First, when I tried to unmount Lustre, the file system was reported as busy. So I ran the following command the find the guilty processes:
sudo lsof +f -- /lustre
This gives me a list of processes that I was then able to kill off. After that:
sudo umount /lustre
Followed by:
sudo mount -t lustre 192.168.1.11@tcp:/lustre /lustre
Which worked! Although I hadn’t yet updated the Lustre client, it was still able to handle the updated Lustre server. The other nodes that didn’t have active shells attached to them didn’t have any trouble with the change; I didn’t even have to remount them; the file system just showed up without any trouble.
Next step is to update the software on the compute nodes. Similar process except somewhat easier since we don’t have to deal with zfs. I still want to limit the install to the particular Linux kernel and the “Lustre-client” repo. In this case, I had to download the rpms from rpmfind:
https://rpmfind.net/linux/rpm2html/search.php?query=kernel%28×86-64%29&submit=Search+…&system=&arch=
I downloaded RPMs for kernel, kernel-debug-devel, kernel-headers, kernel-tools, and kernel-tools-libs. This time, I remembered to unmount /lustre first. Then I installed the new kernel modules:
Then, to install them:
sudo yum localinstall kernel-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm kernel-debug-devel-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm kernel-headers-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm kernel-tools-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm kernel-tools-libs-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm
Next, update the Lustre client:
sudo yum repo-pkgs lustre-client update kmod-lustre-client.x86_64 lustre-client.x86_64
Then update everything else, excluding the kernel stuff:
sudo yum update -x kernel,kernel-debug-devel,kernel-headers,kernel-tools,kernel-tools-libs
Finally, reboot and then remount Lustre:
sudo mount -t lustre 192.168.1.11@tcp:/lustre /lustre
Unlike with the Lustre server, I didn’t encounter any trouble with the reboot. The Lustre partition survived the update just fine, and I was able to successfully update all the rest of the installed software on the system.
Желаете заказать качественный шкаф-купе?
На сегодняшний день шкаф-купе – это современный предмет мебели, который предназначен для хранения одежды и вещей. Его основная особенность состоит в том, что он оснащен раздвижными дверями, за счет чего шкафы-купе прекрасно вписываются даже в маленькие комнаты и существенно экономят пространство. Как правило, такие шкафы имеют различную глубину и комплектуются одной, двумя, тремя или четырьмя дверями с учетом размера.
Данная фирма предоставляет каждому желающему услуги по производству шкафов-купе и изделий с распашными дверями под заказ, а также уже готовые решения. Продукция компании сочетает в себе высокое качество, стиль и функциональность, а опытные дизайнеры реализуют даже довольно-таки смелые фантазии заказчика. Если вы хотите купить шкафы-купе на заказ https://nibbler.co/en_US/reports/shkaf-belarus.ru#/Test_Site_BookingWidget – это то, что Вам нужно!
Перечень товаров компании
Фирма создает самые разные модели шкафов для каждого помещения, в связи с чем, здесь возможно заказать шкаф-купе премиального класса и качественную бюджетную модель, которая тоже будет выглядеть достойно. На сайте компании можно приобрести следующее:
• Шкафы с раздвижными дверями малой и большой глубины.
• Миниатюрные изделия для прихожих.
• Угловые модели, которые позволят сэкономить пространство.
• Шкафы: встроенные и стандартные.
• Модели с зеркальными фасадами.
• Изделия с пескоструем или фотопечатью.
Кроме этого, компания может предложить каждому желающему бюджетные шкафы, в которых нет зеркал, рисунка и других декоративных элементов, более того, на официальном сайте можно купить изделия с распашными дверями.
Преимущества компании
Главное преимущество компании кроется в производстве долговечных и стильных шкафов-купе по крайне выгодным ценам, а опытные дизайнеры выполняют даже крайне трудные заказы исходя из любых предпочтений и желаний заказчика. Вся продукция создается исключительно из безопасных для здоровья материалов, которые не содержат формальдегиды. За счет того, что компания работает без посредников и берет на себя все вопросы, начиная от разработки дизайна и заканчивая сборкой, цены тут ниже чем у конкурентов на 30%, а доставка и установка шкафов-купе выполняется бесплатно!
Нужно купить высококачественный шкаф-купе?
Сегодня шкаф-купе – это современный предмет мебели, который предназначен для хранения вещей и одежды. Его самая главная особенность состоит в том, что он оборудован раздвижными дверями, за счет чего шкафы-купе отлично вписываются даже в маленькие комнаты и значительно экономят пространство. Обычно, такие шкафы имеют разную глубину и комплектуются 1-й, 2-мя, 3-мя или 4-мя дверями с учетом размера.
Данная компания оказывает каждому желающему услуги по изготовлению изделий с распашными дверями и шкафов-купе под заказ, а также уже готовые решения. Продукция компании сочетает в себе высочайшее качество, функциональность и стиль, а профессиональные дизайнеры воплотят в жизнь даже весьма смелые фантазии заказчика. Если вы хотите купить шкафы-купе на заказ – то здесь вы обязательно найдете то, что нужно!
Перечень продукции компании
Компания изготавливает самые разные модели шкафов для всех помещений, в связи с чем, здесь можно купить шкаф-купе премиум-класса и качественную бюджетную модель, которая тоже будет выглядеть достойно. На сайте фирмы можно заказать следующее:
• Шкафы с раздвижными дверями малой и большой глубины.
• Миниатюрные изделия для прихожих.
• Угловые модели, которые дадут возможность сэкономить пространство.
• Шкафы: стандартные и встроенные.
• Модели с зеркальными фасадами.
• Изделия с пескоструем или фотопечатью.
Помимо всего прочего, фирма готова предложить каждому желающему бюджетные шкафы, в которых нет зеркал, рисунка и прочих декоративных элементов, помимо этого, на официальном сайте возможно приобрести изделия с распашными дверями.
Преимущества компании
Главное достоинство фирмы состоит в создании долговечных и стильных шкафов по крайне доступным ценам, а квалифицированные дизайнеры выполняют даже достаточно трудные заказы исходя из любых желаний и предпочтений заказчика. Вся продукция производится только из безопасных для здоровья человека материалов, которые не содержат формальдегиды. Благодаря тому, что фирма ведет свою деятельность без посредников и берет на себя все вопросы, начиная от разработки дизайна и заканчивая сборкой, цены здесь ниже чем у конкурентов на 30%, а доставка и монтаж шкафов-купе выполняется бесплатно!