It’s been close to a year since I updated our cluster; I was going to do it over Christmas, but never quite got around to it. The period of social distancing (and procrastinating on my research) is a great time, right? The cluster is running Centos 7. The biggest issue with upgrading it is the Lustre file system. These are all my notes on the upgrade process. I’m hoping by writing them down here, my life will be somewhat easier the next time I need to do this. Learning how Lustre works all over again every time I do an update is an involved process!
Lustre is very picky about the version of the Linux kernel. This means we can’t just do a blanket “sudo yum update” on the system. We need to upgrade to the specific kernel version that is required by the new version of Lustre we will be installing.
On wyeast, the Lustre server is installed across three different nodes: wyeast-lustre01, wyeast-lustre02, and wyeast-lustre03. The metadata server is on the first node, and the object storage targets are stored on lustre02 and lustre03.
First, update the list of updates that yum knows about:
sudo yum makecache
Next, look at the lustre-server repo and find the current version of the Lustre server and the Linux kernel it uses.
sudo yum repo-pkgs lustre-server list
From this, I found that the current Lustre server version is 2.12.4. I checked the changelog on lustre.org to determine the kernel version needed:
http://wiki.lustre.org/Lustre_2.12.4_Changelog
The Linux kernel needed is actually available in the Lustre-server repo:
kernel-3.10.0-1062.9.1.el7_lustre
So I needed to make sure to install that particular version and not the most up-to-date kernel.
sudo yum repo-pkgs lustre-server update kernel-3.10.0-1062.9.1.el7_lustre kernel-devel-3.10.0-1062.9.1.el7_lustre kernel-headers-3.10.0-1062.9.1.el7_lustre
After that, I checked the current list of other updates available in the Lustre server repository.
sudo yum repo-pkgs lustre-server list
Next, I updated all the Lustre packages that were already installed:
sudo yum repo-pkgs lustre-server update kmod-lustre.x86_64 kmod-lustre-osd-ldiskfs.x86_64 libnvpair1.x86_64 libuutil1.x86_64 libzfs2.x86_64 libzpool2.x86_64 lustre.x86_64 lustre-osd-ldiskfs-mount.x86_64 lustre-osd-zfs-mount.x86_64 lustre-resource-agents.x86_64 lustre-zfs-dkms.noarch spl.x86_64 spl-dkms.noarch zfs.x86_64 zfs-dkms.noarch
Finally, I’ll update all the other system software, carefully excluding the Linux kernel packages:
sudo yum -x kernel,kernel-headers,kernel-debug-devel,kernel-tools,kernel-tools-libs,kmod-lustre.x86_64,kmod-lustre-osd-ldiskfs.x86_64,libnvpair1.x86_64,libuutil1.x86_64,libzfs2.x86_64,libzpool2.x86_64,lustre.x86_64,lustre-osd-ldiskfs-mount.x86_64,lustre-osd-zfs-mount.x86_64,lustre-resource-agents.x86_64,lustre-zfs-dkms.noarch,spl.x86_64,spl-dkms.noarch,spl-dkms.noarch,zfs.x86_64,zfs-dkms.noarch,kernel-devel update
That completes all the software upgrades. The same process needs to be done on wyeast-lustre02 and wyeast-lustre03. I probably should have umounted Lustre mounts before this process, but I didn’t. So after the reboot, Lustre wasn’t quite working. I had to fix it.
First, I had to fix the firewall again on the Lustre machines:
sudo iptables -F
Next, zfs (the file system used by Lustre) was messed up on wyeast-lustre01 and wyeast-lustre02.
The command:
zfs list
wasn’t working. It showed that zfs wasn’t loaded. So the first step is to do:
modprobe zfs
This loaded zfs. However, our zfs pools are missing. This command fixed that:
zpool import
This finds the zpools and allows them to be imported:
zpool import lustre-ost0/ost0
zpool import lustre-ost0/ost0
This loads the zfs pools, but I still need to remount the Lustre file system. This needs to be done on the object storage targets first (lustre02 and lustre03) before it is done on the metadata server (lustre01).
sudo mount -t lustre lustre-ost0/ost0 /lustre-ost0/ost0
sudo mount -t lustre lustre-ost1/ost1 /lustre-ost1/ost
1
Lustre actually automounted correctly on Lustre03, so I didn’t have to fix anything. With the targets working, it was time to fix Lustre01:
mount -t lustre lustre-mgsmdt/mgsmdt /lustre-mgsmdt/mgsmdt
Mounting the Lustre file system starts the Lustre service and we are off to the races.
Back on the compute nodes, it wasn’t finding the Lustre mount on the head node. So I had to unmount and then remount Lustre.
First, when I tried to unmount Lustre, the file system was reported as busy. So I ran the following command the find the guilty processes:
sudo lsof +f -- /lustre
This gives me a list of processes that I was then able to kill off. After that:
sudo umount /lustre
Followed by:
sudo mount -t lustre 192.168.1.11@tcp:/lustre /lustre
Which worked! Although I hadn’t yet updated the Lustre client, it was still able to handle the updated Lustre server. The other nodes that didn’t have active shells attached to them didn’t have any trouble with the change; I didn’t even have to remount them; the file system just showed up without any trouble.
Next step is to update the software on the compute nodes. Similar process except somewhat easier since we don’t have to deal with zfs. I still want to limit the install to the particular Linux kernel and the “Lustre-client” repo. In this case, I had to download the rpms from rpmfind:
https://rpmfind.net/linux/rpm2html/search.php?query=kernel%28×86-64%29&submit=Search+…&system=&arch=
I downloaded RPMs for kernel, kernel-debug-devel, kernel-headers, kernel-tools, and kernel-tools-libs. This time, I remembered to unmount /lustre first. Then I installed the new kernel modules:
Then, to install them:
sudo yum localinstall kernel-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm kernel-debug-devel-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm kernel-headers-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm kernel-tools-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm kernel-tools-libs-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm
Next, update the Lustre client:
sudo yum repo-pkgs lustre-client update kmod-lustre-client.x86_64 lustre-client.x86_64
Then update everything else, excluding the kernel stuff:
sudo yum update -x kernel,kernel-debug-devel,kernel-headers,kernel-tools,kernel-tools-libs
Finally, reboot and then remount Lustre:
sudo mount -t lustre 192.168.1.11@tcp:/lustre /lustre
Unlike with the Lustre server, I didn’t encounter any trouble with the reboot. The Lustre partition survived the update just fine, and I was able to successfully update all the rest of the installed software on the system.
Мы сформулировали для самого себя целостную и важную миссию, которая стала нашим основным посланием – Диагностика, спасающая жизни. Это сложно слоган, а ориентира для всей нашей работы, которая ориентирована на создание и внедрение новых товаров и решений, улучшающих диагностику болезней.
Ценности нашей миссии
Основой нашей миссии являются следующие ключевые ценности:
– Забота о здоровье: Мы осознаем, что точная и своевременная диагностика может спасти жизнь. Поэтому каждая наша разработка нацелена на улучшение диагностических процессов анализатор гемостаза
– Инновации: Мы устремляемся к внедрению новейших технологий и способов, чтобы повсевременно облагораживать качество диагностики и расширять возможности здравоохранения.
– Фокус-покус на итоге: Наша команда трудитсянад тем, чтоб любая разработка, будь то прибор либо программа, давала точные и информативные результаты.
Стратегия и направления работы
Следуя нашему посланию, мы фокусируемся на следующих направлениях:
– Исследования и разработки: Мы инвестируем в научные исследования и разработки, чтоб творить современные диагностические приборы, надлежащие ожиданиям врачей и пациентов.
– Партнёрство с медицинскими учреждениями: Мы активно сотрудничаем с лекарями, клиниками и научными центрами, чтобы превосходнее понимать потребности и строить продукты, которые вправду работают.
– Обучение и поддержка: Мы находим принципиальным предоставлять обучение и поддержку пользователям наших товаров, чтобы они могли максимально отлично использовать наши решения.
Заслуги и успехи
Данный вектор дозволил нам остаться сфокусированными на наших основных бизнес-задачах, достигнуть успеха и сделать новые продукты для базаров, на которых мы работаем. Мы гордимся тем, что наши разработки находят применение в различных областях медицины, подсобляя облагораживать качество диагностики и, в конечном счете, спасать жизни.
Заключение
Мы веруем в силу диагностики и продолжаем двигаться вперёд, создавая инновационные решения для диагностики заболеваний. Наша миссия – это наш компас, который направляет нас на пути к превосходнейшему будущему в области здравоохранения. Мы настроены на долгосрочные достижения и уверены, что можем сделать мир лучше!
Мы сформулировали для самого себя цельную и важную миссию, которая стала нашим основным посланием – Диагностика, спасающая жизни. Это не просто слоган, а ориентира для всей деятельности нашей фирмы, которая направлена на творенье и внедрение новых товаров и решений, улучшающих диагностику заболеваний.
Ценности нашей миссии
Основой нашей миссии являются последующие ключевые ценности:
– Забота о здоровье: Мы разумеем, что четкая и своевременная диагностика может спасти жизнь. Поэтому любая наша разработка нацелена на улучшение диагностических процессов принтер для маркировки кассет
– Инновации: Мы стремимся к внедрению новейших технологий и методов, чтобы постоянно облагораживать качество диагностики и расширять возможности здравоохранения.
– Фокус-покус на итоге: Наша команда трудитсянад тем, чтобы каждая разработка, будь то прибор либо программа, давала четкие и информативные результаты.
Стратегия и направления работы
Следуя нашему посланию, мы фокусируемся на следующих направлениях:
– Исследования и разработки: Мы инвестируем в научные исследования и разработки, чтоб создавать современные диагностические приборы, подходящие ожиданиям врачей и пациентов.
– Партнёрство с медицинскими учреждениями: Мы активно сотрудничаем с медицинскими служащими, клиниками и научными центрами, чтоб лучше понимать потребности и строить продукты, которые действительно работают.
– Обучение и поддержка: Мы находим важным предоставлять обучение и поддержку пользователям наших продуктов, чтобы им предоставлялась возможность максимально отлично использовать наши решения.
Заслуги и успехи
Данный вектор позволил нам остаться сфокусированными на наших основных бизнес-задачах, достигнуть фуррора и создать новые продукты для базаров, на которых мы работаем. Мы гордимся тем, что наши разработки находят применение в разных областях медицины, подсобляя улучшать качество диагностики и, в конечном счете, спасать жизни.
Заключение
Мы верим в силу диагностики и продолжаем двигаться вперёд, творя инновационные решения для диагностики заболеваний. Наша миссия – это наш компас, который направляет нас для лучшему будущему в области здравоохранения. Мы настроены на длительные достижения и уверены, что можем сделать мир лучше!
Мы сформулировали для самого себя целостную и главную цель, которая стала нашим основным посланием – Диагностика, спасающая жизни. Это сложно слоган, а ориентира для всей деятельности нашей фирмы, которая направлена на творение и внедрение новых продуктов и решений, улучшающих диагностику заболеваний.
Ценности нашей миссии
Основой нашей миссии являются последующие ключевые ценности:
– Забота о здоровье: Мы понимаем, что четкая и своевременная диагностика может спасти жизнь. Поэтому каждая наша разработка нацелена на улучшение диагностических процессов анализатор соэ
– Инновации: Мы стремимся к внедрению новейших технологий и методов, чтобы повсевременно облагораживать качество диагностики и расширять способности здравоохранения.
– Фокус на результате: Наша команда работает над тем вот, чтобы каждая разработка, будь то устройство либо программное обеспечение, давала четкие и информативные результаты.
Стратегия и направления работы
Следуя нашему посланию, мы фокусируемся на следующих направлениях:
– Исследования и разработки: Мы инвестируем в научные исследования и разработки, чтобы создавать современные диагностические приборы, соответствующие ожиданиям врачей и пациентов.
– Партнёрство с мед учреждениями: Мы активно сотрудничаем с докторами, клиниками и научными центрами, чтоб лучше разуметь потребности и строить продукты, которые вправду работают.
– Обучение и поддержка: Мы находим главным предоставлять обучение и поддержку пользователям наших товаров, чтобы им предоставлялась возможность максимально эффективно использовать наши решения.
Достижения и успехи
Данный вектор дозволил нам остаться сфокусированными на наших основных бизнес-задачах, добиться фуррора и сделать новые продукты для базаров, на которых мы работаем. Мы гордимся тем вот, что наши разработки находят применение в разных областях медицины, помогая улучшать качество диагностики и, в конечном счете, спасать жизни.
Заключение
Мы веруем в силу диагностики и продолжаем двигаться вперёд, создавая инновационные решения для диагностики заболеваний. Наша миссия – это наш компас, который направляет нас на пути к превосходнейшему будущему в области здравоохранения. Мы настроены на длительные достижения и убеждены, что можем сделать мир лучше!
Мы сформулировали для себя целостную и важную цель, которая стала нашим основным посланием – Диагностика, спасающая жизни. Это сложно слоган, а ориентира для всей деятельности нашей фирмы, которая направлена на творенье и внедрение новых товаров и решений, улучшающих диагностику болезней.
Ценности нашей миссии
Основой нашей миссии являются следующие ключевые ценности:
– Забота о здоровье: Мы осознаем, что точная и своевременная диагностика может спасти жизнь. Поэтому каждая наша разработка нацелена на улучшение диагностических процессов жидкостная цитология
– Инновации: Мы устремляемся к внедрению новейших технологий и способов, чтобы повсевременно улучшать качество диагностики и расширять возможности здравоохранения.
– Фокус на итоге: Наша команда работает над тем, чтобы каждая разработка, будь то устройство либо программное обеспечение, давала четкие и информативные результаты.
Стратегия и направления работы
Следуя нашему посланию, мы фокусируемся на последующих направлениях:
– Исследования и разработки: Мы инвестируем в научные исследования и разработки, чтоб творить современные диагностические инструменты, соответствующие ожиданиям врачей и пациентов.
– Партнёрство с мед учреждениями: Мы активно сотрудничаем с врачами, клиниками и научными центрами, чтобы превосходнее разуметь потребности и строить продукты, которые действительно работают.
– Обучение и поддержка: Мы находим важным предоставлять обучение и поддержку пользователям наших товаров, чтоб им предоставлялась возможность в наибольшей степени эффективно использовать наши решения.
Заслуги и успехи
Данный вектор дозволил нам остаться сфокусированными на наших главных бизнес-задачах, добиться успеха и сделать новые продукты для рынков, на которых мы работаем. Мы гордимся тем, что наши разработки находят применение в различных областях медицины, помогая облагораживать качество диагностики и, в конечном счете, спасать жизни.
Заключение
Мы верим в силу диагностики и продолжаем двигаться вперёд, творя инновационные решения для диагностики заболеваний. Наша миссия – это наш компас, который направляет нас для лучшему будущему в области здравоохранения. Мы настроены на длительные достижения и уверены, что можем сделать мир лучше!
Мы сформулировали для самого себя целостную и главную миссию, которая стала нашим основным посланием – Диагностика, спасающая жизни. Это не просто слоган, а ориентира для всей деятельности нашей фирмы, которая ориентирована на создание и внедрение новых продуктов и решений, улучшающих диагностику заболеваний.
Ценности нашей миссии
Основой нашей миссии являются следующие ключевые ценности:
– Забота о здоровье: Мы разумеем, что четкая и своевременная диагностика может спасти жизнь. Поэтому каждая наша разработка нацелена на улучшение диагностических процессов kfbio
– Инновации: Мы стремимся к внедрению новейших технологий и способов, чтобы непрерывно облагораживать качество диагностики и расширять возможности здравоохранения.
– Фокус-покус на итоге: Наша команда работает над тем, чтоб каждая разработка, будь то устройство или программное обеспечение, давала точные и информативные результаты.
Стратегия и направления работы
Следуя нашему посланию, мы фокусируемся на последующих направлениях:
– Исследования и разработки: Мы инвестируем в исследования и разработки, чтобы создавать современные диагностические приборы, подходящие ожиданиям врачей и пациентов.
– Партнёрство с медицинскими учреждениями: Мы активно сотрудничаем с лекарями, клиниками и научными центрами, чтобы лучше понимать потребности и строить продукты, которые действительно работают.
– Обучение и поддержка: Мы находим главным предоставлять обучение и поддержку пользователям наших продуктов, чтоб они могли максимально эффективно использовать наши решения.
Заслуги и успехи
Данный вектор дозволил нам остаться сфокусированными на наших главных бизнес-задачах, достигнуть успеха и создать новые продукты для базаров, на которых мы работаем. Мы гордимся тем, что наши разработки находят применение в разных областях медицины, подсобляя облагораживать качество диагностики и, в конечном счете, спасать жизни.
Заключение
Мы верим в силу диагностики и продолжаем двигаться вперёд, создавая инновационные решения для диагностики заболеваний. Наша миссия – это наш компас, который направляет нас для лучшему будущему в области здравоохранения. Мы настроены на длительные достижения и уверены, что можем сделать мир лучше!
Мы сформулировали для себя цельную и главную миссию, которая стала нашим основным посланием – Диагностика, спасающая жизни. Это сложно слоган, а ориентира для всей деятельности нашей фирмы, которая ориентирована на творенье и внедрение новых товаров и решений, улучшающих диагностику заболеваний.
Ценности нашей миссии
Основой нашей миссии являются последующие ключевые ценности:
– Забота о здоровье: Мы осознаем, что точная и своевременная диагностика может спасти жизнь. Поэтому каждая наша разработка нацелена на улучшение диагностических процессов микротом
– Инновации: Мы стремимся к внедрению новейших технологий и методов, чтобы повсевременно улучшать качество диагностики и расширять способности здравоохранения.
– Фокус на результате: Наша команда трудитсянад тем, чтобы каждая разработка, будь то прибор или программное обеспечение, давала точные и информативные результаты.
Стратегия и направления работы
Следуя нашему посланию, мы фокусируемся на следующих направлениях:
– Исследования и разработки: Мы инвестируем в исследования и разработки, чтоб создавать современные диагностические приборы, соответствующие ожиданиям врачей и пациентов.
– Партнёрство с медицинскими учреждениями: Мы активно сотрудничаем с медиками, клиниками и научными центрами, чтобы лучше разуметь потребности и строить продукты, которые вправду работают.
– Обучение и поддержка: Мы находим главным предоставлять обучение и поддержку пользователям наших продуктов, чтоб они могли максимально отлично использовать наши решения.
Заслуги и успехи
Данный вектор позволил нам остаться сфокусированными на наших основных бизнес-задачах, добиться успеха и создать новые продукты для рынков, на которых мы работаем. Мы гордимся тем, что наши разработки находят применение в различных областях медицины, помогая облагораживать качество диагностики и, в конечном счете, спасать жизни.
Заключение
Мы веруем в силу диагностики и продолжаем двигаться вперёд, создавая инноваторские решения для диагностики заболеваний. Наша миссия – это наш компас, который направляет нас для наихорошему будущему в области здравоохранения. Мы настроены на длительные достижения и убеждены, что можем сделать мир лучше!
Мы сформулировали себе цельную и важную цель, которая стала нашим основным посланием – Диагностика, спасающая жизни. Это сложно слоган, а ориентира для всей деятельности нашей фирмы, которая ориентирована на творенье и внедрение новых товаров и решений, улучшающих диагностику заболеваний.
Ценности нашей миссии
Основой нашей миссии являются последующие ключевые ценности:
– Забота о здоровье: Мы разумеем, что четкая и своевременная диагностика может спасти жизнь. Поэтому любая наша разработка нацелена на улучшение диагностических процессов пцр-набор
– Инновации: Мы стремимся к внедрению новейших технологий и способов, чтобы постоянно облагораживать качество диагностики и расширять способности здравоохранения.
– Фокус на итоге: Наша команда работает над тем, чтоб каждая разработка, будь то прибор либо программное обеспечение, давала точные и информативные результаты.
Стратегия и направления работы
Следуя нашему посланию, мы фокусируемся на последующих направлениях:
– Исследования и разработки: Мы инвестируем в исследования и разработки, чтобы создавать современные диагностические инструменты, подходящие ожиданиям врачей и пациентов.
– Партнёрство с медицинскими учреждениями: Мы активно сотрудничаем с медицинскими служащими, клиниками и научными центрами, чтобы превосходнее разуметь потребности и строить продукты, которые действительно работают.
– Обучение и поддержка: Мы находим принципиальным предоставлять обучение и поддержку пользователям наших продуктов, чтобы им предоставлялась возможность максимально отлично использовать наши решения.
Заслуги и успехи
Данный вектор позволил нам остаться сфокусированными на наших главных бизнес-задачах, достигнуть фуррора и создать новые продукты для рынков, на которых мы работаем. Мы гордимся тем вот, что наши разработки находят применение в различных областях медицины, помогая облагораживать качество диагностики и, в конечном счете, спасать жизни.
Заключение
Мы веруем в силу диагностики и продолжаем двигаться вперёд, создавая инноваторские решения для диагностики заболеваний. Наша миссия – это наш компас, который направляет нас для превосходнейшему будущему в области здравоохранения. Мы настроены на длительные достижения и убеждены, что можем сделать мир лучше!