It’s been close to a year since I updated our cluster; I was going to do it over Christmas, but never quite got around to it. The period of social distancing (and procrastinating on my research) is a great time, right? The cluster is running Centos 7. The biggest issue with upgrading it is the Lustre file system. These are all my notes on the upgrade process. I’m hoping by writing them down here, my life will be somewhat easier the next time I need to do this. Learning how Lustre works all over again every time I do an update is an involved process!
Lustre is very picky about the version of the Linux kernel. This means we can’t just do a blanket “sudo yum update” on the system. We need to upgrade to the specific kernel version that is required by the new version of Lustre we will be installing.
On wyeast, the Lustre server is installed across three different nodes: wyeast-lustre01, wyeast-lustre02, and wyeast-lustre03. The metadata server is on the first node, and the object storage targets are stored on lustre02 and lustre03.
First, update the list of updates that yum knows about:
sudo yum makecache
Next, look at the lustre-server repo and find the current version of the Lustre server and the Linux kernel it uses.
sudo yum repo-pkgs lustre-server list
From this, I found that the current Lustre server version is 2.12.4. I checked the changelog on lustre.org to determine the kernel version needed:
http://wiki.lustre.org/Lustre_2.12.4_Changelog
The Linux kernel needed is actually available in the Lustre-server repo:
kernel-3.10.0-1062.9.1.el7_lustre
So I needed to make sure to install that particular version and not the most up-to-date kernel.
sudo yum repo-pkgs lustre-server update kernel-3.10.0-1062.9.1.el7_lustre kernel-devel-3.10.0-1062.9.1.el7_lustre kernel-headers-3.10.0-1062.9.1.el7_lustre
After that, I checked the current list of other updates available in the Lustre server repository.
sudo yum repo-pkgs lustre-server list
Next, I updated all the Lustre packages that were already installed:
sudo yum repo-pkgs lustre-server update kmod-lustre.x86_64 kmod-lustre-osd-ldiskfs.x86_64 libnvpair1.x86_64 libuutil1.x86_64 libzfs2.x86_64 libzpool2.x86_64 lustre.x86_64 lustre-osd-ldiskfs-mount.x86_64 lustre-osd-zfs-mount.x86_64 lustre-resource-agents.x86_64 lustre-zfs-dkms.noarch spl.x86_64 spl-dkms.noarch zfs.x86_64 zfs-dkms.noarch
Finally, I’ll update all the other system software, carefully excluding the Linux kernel packages:
sudo yum -x kernel,kernel-headers,kernel-debug-devel,kernel-tools,kernel-tools-libs,kmod-lustre.x86_64,kmod-lustre-osd-ldiskfs.x86_64,libnvpair1.x86_64,libuutil1.x86_64,libzfs2.x86_64,libzpool2.x86_64,lustre.x86_64,lustre-osd-ldiskfs-mount.x86_64,lustre-osd-zfs-mount.x86_64,lustre-resource-agents.x86_64,lustre-zfs-dkms.noarch,spl.x86_64,spl-dkms.noarch,spl-dkms.noarch,zfs.x86_64,zfs-dkms.noarch,kernel-devel update
That completes all the software upgrades. The same process needs to be done on wyeast-lustre02 and wyeast-lustre03. I probably should have umounted Lustre mounts before this process, but I didn’t. So after the reboot, Lustre wasn’t quite working. I had to fix it.
First, I had to fix the firewall again on the Lustre machines:
sudo iptables -F
Next, zfs (the file system used by Lustre) was messed up on wyeast-lustre01 and wyeast-lustre02.
The command:
zfs list
wasn’t working. It showed that zfs wasn’t loaded. So the first step is to do:
modprobe zfs
This loaded zfs. However, our zfs pools are missing. This command fixed that:
zpool import
This finds the zpools and allows them to be imported:
zpool import lustre-ost0/ost0
zpool import lustre-ost0/ost0
This loads the zfs pools, but I still need to remount the Lustre file system. This needs to be done on the object storage targets first (lustre02 and lustre03) before it is done on the metadata server (lustre01).
sudo mount -t lustre lustre-ost0/ost0 /lustre-ost0/ost0
sudo mount -t lustre lustre-ost1/ost1 /lustre-ost1/ost1
Lustre actually automounted correctly on Lustre03, so I didn’t have to fix anything. With the targets working, it was time to fix Lustre01:
mount -t lustre lustre-mgsmdt/mgsmdt /lustre-mgsmdt/mgsmdt
Mounting the Lustre file system starts the Lustre service and we are off to the races.
Back on the compute nodes, it wasn’t finding the Lustre mount on the head node. So I had to unmount and then remount Lustre.
First, when I tried to unmount Lustre, the file system was reported as busy. So I ran the following command the find the guilty processes:
sudo lsof +f -- /lustre
This gives me a list of processes that I was then able to kill off. After that:
sudo umount /lustre
Followed by:
sudo mount -t lustre 192.168.1.11@tcp:/lustre /lustre
Which worked! Although I hadn’t yet updated the Lustre client, it was still able to handle the updated Lustre server. The other nodes that didn’t have active shells attached to them didn’t have any trouble with the change; I didn’t even have to remount them; the file system just showed up without any trouble.
Next step is to update the software on the compute nodes. Similar process except somewhat easier since we don’t have to deal with zfs. I still want to limit the install to the particular Linux kernel and the “Lustre-client” repo. In this case, I had to download the rpms from rpmfind:
https://rpmfind.net/linux/rpm2html/search.php?query=kernel%28×86-64%29&submit=Search+…&system=&arch=
I downloaded RPMs for kernel, kernel-debug-devel, kernel-headers, kernel-tools, and kernel-tools-libs. This time, I remembered to unmount /lustre first. Then I installed the new kernel modules:
Then, to install them:
sudo yum localinstall kernel-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm kernel-debug-devel-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm kernel-headers-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm kernel-tools-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm kernel-tools-libs-3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64.rpm
Next, update the Lustre client:
sudo yum repo-pkgs lustre-client update kmod-lustre-client.x86_64 lustre-client.x86_64
Then update everything else, excluding the kernel stuff:
sudo yum update -x kernel,kernel-debug-devel,kernel-headers,kernel-tools,kernel-tools-libs
Finally, reboot and then remount Lustre:
sudo mount -t lustre 192.168.1.11@tcp:/lustre /lustre
Unlike with the Lustre server, I didn’t encounter any trouble with the reboot. The Lustre partition survived the update just fine, and I was able to successfully update all the rest of the installed software on the system.
Нахождение высококачественных и актуальных статей на медицинские темы возможно трудной задачей, необыкновенно учитывая большущего объема информации в Интернете. Вот несколько рекомендаций, помогающие для вас эффективно разыскивать медицинские статьи.
Определите конкретную тему
Прежде чем приступить к поиску, точно определите, какая именно мед тема вас интересует. Это может быть конкретное заболевание, метод исцеления, мед исследования либо новшества в области медицины. Чем конкретнее ваш запрос, тем вот проще будет отыскать нужные материалы.
Используйте научные поисковые системы
1. PubMed: Это одна из огромнейших баз данных, содержащая миллионы статей по медицине и смежным областям. Вы сможете отыскивать статьи по главным словам, творцам или другим параметрам.
2. Гугл Scholar: Этот инструмент дает возможность отыскивать научные статьи, диссертации и книги. Используйте фильтры для уточнения поисковых результатов.
3. Cochrane Library: База данных, посвященная периодическим обзорам исследований по части здравоохранения. Отличный ресурс для получения качественной информации о медицинских вмешательствах.
Обратитесь к специализированным журналам
Многие медицинские журнальчики публикуют статьи, доступные в открытом доступе. Вот несколько знаменитых изданий:
– The Lancet: Один из самых авторитетных медицинских журналов.
– New England Journal of Medicine (NEJM): Публикует принципиальные исследования и рецензии.
– BMJ (British Medical Journal): Обсуждает большой объем мед тем вот.
Используйте библиотеки и ресурсы учебных заведений
Если у вас есть доступ к университетским либо общественным библиотекам, воспользуйтесь ими. Почти многие библиотеки подписаны на платные научные базы и журнальчики, что дает возможность получить доступ к целым статьям.
Участвуйте в форумах и сообществах
Существуют спец http://online-roulette-handbook.com/are-you-the-blackjack-or-the-roulette-type/?unapproved=61622&moderation-hash=c3874af516fcca01cacce98854e6c6c0#comment-61622 мед форумы и общества, где обсуждаются животрепещущие темы. Участники таких групп часто делятся полезными статьями и ресурсами.
Следите за новыми публикациями
Расписывайтесь на рассылки научных журналов либо тематических групп, чтоб получать информацию о новых исследованиях и статьях на интересующие вас темы.
Используйте ключевые слова
Формулируйте свои запросы с помощью главных слов. Например, ежели вы ищете статьи о лечении диабета, используйте запросы вроде лечение диабета, исследования диабета и т.д., в одно время прибавляя фильтры по времени, чтобы отыскать самые животрепещущие данные.
Заключение
Поиск мед статей может занять время, но, следуя приведённым рекомендациям, у вас есть возможность найти подходящую информацию. Помните инспектировать источники и обращать внимание на даты публикации, чтобы быть уверенными в актуальности материалов.
Нахождение высококачественных и актуальных статей на медицинские темы может быть трудной задачей, неподражаемо учитывая большущего объема инфы в Интернете. Вот несколько советов, помогающие вам эффективно отыскивать мед статьи.
Определите конкретную тему
До этого чем приступить к поиску, точно определите, какой-никакая именно медицинская тема вас интересует. Это может быть конкретное болезнь, метод лечения, медицинские исследования либо новшества в области медицины. Чем конкретнее ваш запрос, тем вот проще будет отыскать нужные материалы.
Используйте научные поисковые системы
1. PubMed: Это одна из больших баз данных, содержащая миллионы статей по медицине и смежным областям. Вы сможете разыскивать статьи по ключевым словам, создателям либо другим характеристикам.
2. Гугл Scholar: Этот инструмент позволяет отыскать научные статьи, диссертации и книги. Используйте фильтры для уточнения поисковых результатов.
3. Cochrane Library: База данных, посвященная систематическим обзорам исследований по части здравоохранения. Хороший ресурс для получения высококачественной инфы о мед вмешательствах.
Обратитесь к специализированным журналам
Почти многие мед журналы публикуют статьи, доступные в открытом доступе. Вот несколько известных изданий:
– The Lancet: Один из самых авторитетных мед журналов.
– New England Journal of Medicine (NEJM): Публикует главные исследования и рецензии.
– BMJ (British Medical Journal): Обсуждает большой объем медицинских тем.
Используйте библиотеки и ресурсы учебных заведений
Если у вас есть доступ к университетским или общественным библиотекам, воспользуйтесь ими. Почти многие библиотеки подписаны на платные научные базы и журнальчики, что позволяет войти к целым статьям.
Участвуйте в форумах и сообществах
Существуют специализированные http://WWW.ncwlxx.net/home.php?mod=space&uid=12812 медицинские форумы и общества, где обсуждаются актуальные темы. Участники таких групп довольно частенько делятся полезными статьями и ресурсами.
Следите за новыми публикациями
Подписывайтесь на рассылки научных журналов либо тематических групп, чтоб получать информацию о новых исследованиях и статьях на ваши темы.
Используйте ключевые слова
Формулируйте свои запросы с помощью ключевых слов. Например, если вы разыскиваете статьи о лечении диабета, используйте запросы вроде исцеление диабета, исследования диабета и т.д., в одно время добавляя фильтры по медли, чтобы найти самые животрепещущие данные.
Заключение
Поиск мед статей может занять время, но, следуя приведённым рекомендациям, у вас есть возможность отыскать подходящую информацию. Помните инспектировать источники и уделять свое внимание на даты публикации, чтобы быть уверенными в актуальности материалов.
Нахождение высококачественных и актуальных статей на мед темы возможно трудной задачей, необыкновенно учитывая большущего объема информации в глобальной сети интернет. Вот несколько рекомендаций, помогающие вам отлично искать медицинские статьи.
Определите определенную тему
До этого чем приступить к поиску, точно определите, какой-никакая именно медицинская тема вас интересует. Такое может быть конкретное заболевание, метод лечения, медицинские исследования либо новшества в области медицины. Чем конкретнее ваш запрос, тем проще будет найти нужные материалы.
Используйте научные поисковые системы
1. PubMed: Это одна из огромнейших баз данных, содержащая миллионы статей по медицине и смежным областям. Вы сможете искать статьи по главным словам, авторам либо другим параметрам.
2. Гугл Scholar: Этот инструмент позволяет выискать научные статьи, диссертации и книги. Используйте фильтры для уточнения результатов поиска.
3. Cochrane Library: База данных, посвященная систематическим обзорам исследований по части здравоохранения. Хороший ресурс для получения высококачественной информации о мед вмешательствах.
Обратитесь к специализированным журналам
Почти многие медицинские журнальчики публикуют статьи, доступные в открытом доступе. Вот несколько узнаваемых изданий:
– The Lancet: Один из самых авторитетных мед журналов.
– New England Journal of Medicine (NEJM): Публикует принципиальные исследования и рецензии.
– BMJ (British Medical Journal): Обсуждает широкий спектр мед тем.
Используйте библиотеки и ресурсы учебных заведений
Если у вас есть доступ к университетским или общественным библиотекам, воспользуйтесь ими. Многие библиотеки подписаны на платные научные базы и журнальчики, что позволяет получить доступ к целым статьям.
Участвуйте в форумах и сообществах
Существуют специализированные https://www.cineplayers.com/ispolzovanie-prof-i-medicinskih-zhurnalov мед форумы и сообщества, где обсуждаются актуальные темы. Соучастники таких групп довольно частенько делятся полезными статьями и ресурсами.
Смотрите за новыми публикациями
Подписывайтесь на рассылки научных журналов либо направленных на определенную тематику групп, чтоб быть информированными о новых исследованиях и статьях на ваши темы.
Используйте ключевые слова
Формулируйте свои запросы при помощи ключевых слов. К примеру, ежели вы отыскиваете статьи о лечении диабета, используйте запросы вроде лечение диабета, исследования диабета и т.д., сразу добавляя фильтры по медли, чтоб найти самые животрепещущие данные.
Заключение
Поиск мед статей может занять время, но, следуя приведённым рекомендациям, у вас есть возможность отыскать подходящую информацию. Помните проверять источники и уделять свое внимание на даты публикации, чтобы быть уверенными в актуальности материалов.
Нахождение высококачественных и актуальных статей на медицинские темы может быть сложной задачей, неподражаемо учитывая громадного объема инфы в глобальной сети интернет. Вот несколько советов, которые помогут для вас эффективно отыскивать мед статьи.
Определите конкретную тему
До этого чем приступить к поиску, точно определите, какой-никакая именно мед тема вас интересует. Это может быть конкретное заболевание, метод лечения, медицинские исследования либо новшества в области медицины. Чем конкретнее ваш запрос, тем вот проще будет найти нужные материалы.
Используйте научные поисковые системы
1. PubMed: Это одна из огромнейших баз данных, содержащая миллионы статей по медицине и смежным областям. Вы можете находить статьи по ключевым словам, авторам или другим характеристикам.
2. Google Scholar: Этот инструмент позволяет обретать научные статьи, диссертации и книги. Используйте фильтры для уточнения поисковых результатов.
3. Cochrane Library: База данных, посвященная систематическим обзорам исследований в области здравоохранения. Отличный ресурс для получения качественной инфы о мед вмешательствах.
Обратитесь к спец журналам
Многие мед журнальчики публикуют статьи, доступные в открытом доступе. Вот несколько известных изданий:
– The Lancet: Один из самых авторитетных медицинских журналов.
– New England Journal of Medicine (NEJM): Публикует принципиальные исследования и рецензии.
– BMJ (British Medical Journal): Обсуждает большой объем мед тем.
Используйте библиотеки и ресурсы учебных заведений
Если у вас есть доступ к институтским либо публичным библиотекам, воспользуйтесь ими. Многие библиотеки подписаны на платные научные базы и журналы, что позволяет получить доступ к целым статьям.
Участвуйте в форумах и сообществах
Существуют специализированные http://www.szyp-10.cc/space-uid-87033.html медицинские форумы и сообщества, в каком месте обсуждаются актуальные темы. Участники таких групп часто делятся полезными статьями и ресурсами.
Смотрите за новыми публикациями
Подписывайтесь на рассылки научных журналов либо тематических групп, чтобы быть информированными о новых исследованиях и статьях на интересующие вас темы.
Используйте главные слова
Формулируйте свои запросы с помощью главных слов. Например, ежели вы ищете статьи о лечении диабета, используйте запросы вроде исцеление диабета, исследования диабета и т.д., сразу прибавляя фильтры по медли, чтобы отыскать самые животрепещущие данные.
Заключение
Поиск мед статей может занять время, но, следуя приведённым рекомендациям, вы сможете отыскать нужную информацию. Помните инспектировать источники и обращать внимание на даты публикации, чтобы не сомневаться в актуальности материалов.